農地違章工廠輔導轉特定工廠登記期限於3月21日截止，低污染工廠可申請登記納管，就地合法，但過去有少數中高污染工廠，假借低污染名義申請，竟通過審查。綠色公民行動聯盟與民進黨立委洪申翰共同呼籲，經濟部不要只顧納管、不顧污染，應盡速建立跨部會合作機制，全面勾稽工廠製程與排放資料，確實掌握工廠污染風險，並制定合理且有效遏阻污染的退場機制，守護台灣農地及糧食安全。
為解決農地工廠問題，《工廠管理輔導法（工輔法）》經立法院三讀修正通過，並於2020年3月20日施行，明定2016年5月20日前於農地設立的工廠，只要符合低污染條件即可辦理「特定工廠登記」，但須於2年內申請納管，即今年3月19日前提出申請。經濟部積極輔導業者登記納管，有將近4萬家農地工廠申請納管，走就地合法的程序。按《工輔法》規定，僅低污染工廠可申請登記納管，但綠色公民行動聯盟發現，過去有少數中高污染工廠，假借低污染名義申請，竟通過審查，顯示經濟部與地方政府對農地中高污染工廠的掌握度不佳，且依照現行法規，若工廠發生環境污染事件，亦沒有實質的退場機制。
綠色公民行動聯盟副秘書長曾虹文表示，農地工廠負擔的污染管理成本，始終比工業區少很多，環境成本卻由社會大眾共同承擔。相較於工業區，農地極為敏感與脆弱，因此，農地上的工廠必須受到更嚴格的污染監督與管理。她指出，行政院長蘇貞昌2019年修《特定工廠登記辦法》時曾說「有污染問題的工廠絕不允許」，但現在為了大量納管，連重大違規的工廠都可以取得特登，曾虹文痛批，經濟部的污染退場機制是玩假的。
曾虹文舉出兩個實例，根據環保署的裁罰紀錄，2018年8月29日，皮革廠彰偉遭查獲偷埋暗管，偷排含有總鉻的重金屬廢水超標12.6倍，判定違規情節重大勒令停工，卻於2021年1月11日取得特定工廠登記證。另一家電鍍廠沅泰，2019年1月26日亦遭查獲偷埋暗管長達五年，偷排含有重金屬鋅、鎳、鉻的有毒電鍍廢水，判定違規情節重大勒令停工，也於2021年12月22日取得特定工廠登記證。她不禁質疑，如果這樣的工廠都無法退場，什麼樣的污染才會退場？
洪申翰表示，過去民間團體已經透過比對環保署、經濟部的資料，發現有中高污製程的工廠，卻以低污染工廠的名義來進行納管登記，面對這樣的情況，經濟部其實有責任需要會同環保署，在審核登記納管的流程中，避免這樣「不誠實」的漏網之魚，有品質地進行審查和把關。洪申翰也提到，依據目前經濟部的《工輔法》規定，故意排有毒廢水、污染環境的工廠，要達到環保署同時認定，違反環保法令「情節重大」和「勒令歇業」的「雙重高標」才會被撤銷特登。但洪申翰認為，以農地環境的敏感性的角度來說，目前以此雙重高標恐使門檻過高，將失去管理與嚇阻的功能，這樣的把關機制，是需要被檢討和調整的。
面對前述種種情況，綠色公民行動聯盟提出三點訴求，一、經濟部進行跨部會資料整合與勾稽，重新清查盤點污染製程，確實掌握工廠的污染風；二、經濟部修訂工輔法，檢討調整情節重大勒令歇業的高門檻，並將累犯納入退場機制；三、經濟部盡速與農委會、環保署討論，制定合理且有效遏阻污染的退場機制。
