潛艦國造首艘艦海鯤軍艦上月底下水命名後，展開泊港測試（HAT)，但由於黃曙光指「有一立委為了蠅頭小利」、「一直在搞」，也有立委爆料指出國民黨立委馬文君涉嫌將潛艦資料交給韓國代表處等洩密疑雲，檢調已經分案調查，但馬文君等人指黃曙光在背後放話，加上「戰鬥藍」趙少康等人將調查黃曙光列為派系共同政見，要潛艦專案小組召集人、國安會諮委黃曙光到立法院報告說明，國防部長邱國正今天（10/13）上午表示，目前潛艦案檢調已經介入，會按部就班地調查，現在自己不便再做什麼說明，因為自己只要講任何一句話，穿鑿附會，將會被搞成「案外案」，國防部立場就是檢調介入，尊重檢調，國防部會配合辦理，不會有任何隱瞞。
邱國正今天上午前往立法院備詢前，回答記者提問。邱國正也被問到，至今是否還是相信黃曙光的清白、完全沒有任何問題？邱國正表示，「我絕對相信他，我跟他共事多年，不光是在他在海軍司令任內，更早期我們在一個聯參次長室，他為人各方面蠻受肯定的。我個人對他感覺蠻肯定的。」
另外立法院外交及國防委員會「馬文君條款」內規在昨天上午通過後，立即生效執行，參加機密會議者不得攜帶手機等電子錄音傳輸設備，而且進入會議室要進行金屬探測掃描（簡稱搜身），有記者問到被「搜身」沒有什麼特別的感覺，邱國正表示，「這是立法院規定，我們就照做，因為平常也會經歷這些，有時候國防部內開會，為了要保密起見，也會做這些（搜身）的動作，坦然面對，不會有什麼特別感覺。」
此外，馬文君繼續在臉書發文堅稱「GL公司是賣菸草的、還經過法院認證」，但又被立委林俊憲批評錯誤解讀判決書，記者問邱國正是否了解，邱國正表示，他不知道這一段，但潛艦案已交由司法調查，不便再評論
